Con el nacimiento de la Universidad de Panamá en 1935, se crea la Facultad de Ciencias Sociales y Economía. En 1942, pasó a convertirse en la Facultad de Administración Pública y Comercio donde funcionó la Escuela de Economía entre 1961 y 1982. En 1982 esta facultad se reestructura para crear tres nuevas facultades: Administración de Empresas y Contabilidad, Administración Pública y la Facultad de Economía, manteniendo la sede original esta última.
Las primeras elecciones para escoger al Decano de la Facultad se llevaron el 2 de julio de 1982, siendo elegido el Dr. Iván Cano, profesor del Departamento de Teoría y Desarrollo Económico, como su primer decano.
Para este período otros dos departamentos formaron parte de la estructura administrativa de la Facultad: Departamento de Análisis y Economía Aplicada y el Departamento de Estadística Económica y Social, ambos dándoles servicio de profesores(as) a la Escuela de Economía.
Dos años después, los(as) primeros(as) 83 Licenciados(as) en Economía, egresados(as) de la nueva Facultad, se graduaron en la promoción de 1984. De manera paralela, la Facultad inició la modernización de sus planes de estudio que culmina en 1994; además, se promueve la maestría en Economía y se crea la Unidad de Investigación en 1982, previa a la creación del Centro de Investigación de la Facultad de Economía (CIFE), llevada a cabo en 1989.
Entre el año 1990 y 2007 se han graduado más de 4,191 especialistas, entre los cuales sobresalen 2,028 en la Licenciatura de Economía y 2,071 en la Licenciatura en Finanzas y Banca.
Como una respuesta a los requerimientos de los mercados financieros nacionales e internacionales, se amplía la oferta académica y el 14 de Febrero de 1996 se da inicio a la Licenciatura en Finanzas y Banca.
En los albores del siglo XXI, ante las tendencias del mundo moderno, se crean dos carreras técnicas: Análisis y Métodos Estadísticos y la de Economía Ambiental.
La Dirección de Investigación y Posgrado vino a satisfacer la demanda de cursos de posgrados y maestrías en el área de Economía y Finanzas; fundamentadas en una formación integral, perfil que solo se encuentra en nuestra Facultad. De esta forma, la primera maestría, Economía para la Formulación, Evaluación y Administración de Proyectos, inicio en 1997 y posteriormente, hasta el 2003, se amplía la oferta con maestrías en: Economía Monetaria y Bancaria, Economía del Transporte, Economía del Desarrollo Social y Economía Estadística.
En septiembre de 2007 el Consejo Superior Universitario Centroamericano (CSUCA) y el Sistema Centroamericano de Evaluación de la Educación Superior: (SICEVAES), certifica que:
"El Programa de Economía de la Universidad de Panamá concluyó exitosamente el proceso de evaluación con fines de mejoramiento de la calidad en el marco del SICEVAES-CSUCA". De esta forma, la facultad de Economía de la Universidad de Panamá es una de las primeras facultades en el país, que se somete a dicha evaluación. El certificado otorgado ofrece un importante reconocimiento para la carrera de Economía en todos los países que forman parte del SICEVAES. En el año 2008 se recibió la certificación de la licenciatura en Banca y Finanzas.
